Hola a [email protected], SI (condicional) el ruido te ha aparecido "justo" cuando has hecho la reparación/cambio del filtro de aire y SI (condicional) NO tienes la "tapa cubrepolvos" junto al accionamiento del embrague me inclino porque se te ha caido alguna pieza/herramienta a la "cámara/cavidad" del embrague. Y no te has dado cuenta.
El hecho de que ha sido justo con la reparación/mantenimiento me hace pensar que NO tienes la tapa negra guardapolvos junto al accionamiento del embrague.
¿Tienes ese guardapolvos en su sitio?
Trata de mirar con una linterna a ver si puedes ver alguna cosa que esté "caida".
¿Te falta alguna herramienta que hayas perdido?
¿Una llave fija?
¿Un tornillo/tuerca/arandela?
¿Un sonajero? 
Un saludo a [email protected]