Eso mismo me ha estado pasando cada dos por tres. Después de perseguir durante bastante tiempo al mecánico "entendido" del tema, me dijo que era normal:
Palabra más o menos textuales: "el ordenado empieza a calcular la velocidad media desde el momento en que la llave se pone en la posición de contacto. Si llevas una velocidad media de 30km/h y el coche está al ralentí bastante tiempo (que cada uno interprete lo que quiere decir bastante tiempo: 5 minutos, 1 hora...), o la llave se saca y mete varias veces, o se cala... en definitiva, que el tiempo va pasando y el coche no avanza, la velocidad media llega a 0.
PERO... internamente, sigue descontando km/h (????), por lo que aunque después nos metamos en una autopista a 120km/h durante 2h, a duras penas conseguiremos que el ordenador indique 10km/h de media.
La función de velocidad media se ha de reiniciar manualmente cada vez que hagamos un viaje por carretera, si se circula por ciudad a menudo no es útil."
Yo ni me lo creo ni dejo de hacerlo. No sé si es una respuesta oficial. Personalmente me parece una manera anómala de funcionamiento, pero como ellos dicen que funciona así, me temo que no hay nada que hacer.
Creo que a Aldrincar le pasó alguna vez, y no sé si consultó con su concesionario y sabe algo más.
Por cierto, también me confirmaron que el cuenta km parcial vuelve a 0 después de 2000km. 
