Hola a [email protected], por ese tubo de admisión también se "pierde" un "poquito" de aceite. Con el tiempo se puede manchar "mucho".
Esto ya es sentido común, si donde está manchado está "cerca" o "por debajo" de la rotura, esas manchas desaparecerán al reparar el tubo.
Si donde está manchado está "lejos" de la rotura, pues entonces habrá que buscar la junta de la pérdida.
Yo de momento cambiaría el tubo solo, que sigue manchando, continúa con la junta de la tapa del motor (como tú la llamas).
En cuanto al intercooler, hombre, uno nuevo siempre está mejor que uno viejo, pero esto es aplicable a todo el coche 

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En mi opinión con limpiarlo debería ser suficiente, pero claro, siempre es mejor uno nuevo. El problema de limpiarlo es que se haga BIEN.
Depende de tí y de tus posibilidades.
Un saludo a [email protected],