si el motor nuevo va bien, revisa los cables, me da la impresión de que debe haber alguno con un defecto de aislamiento (pelado vaya) y te esta haciendo derivación directa a masa (chasis) por eso que el fusible, directamente se quema.
te ayudará para averiguarlo que tengas a mano una pinza amperimétrica para corriente continua, para medir consumo antes del fusible, después del fusible, y en la conexión del motor. si da lo mismo en los 3 puntos, el cable estará bien. habria que pensar por otro sitio el origen e la averia.
otro tema:
supongo que la conexión al motor la tengas hecha de manera fiable, cogiendo bien todo el cable, con los contactos limpios y en condiciones no¿?
por que si tienes una mala conexion, sulfatada, sucia, o de cualquier manera.... no busques mas.
mucha suerte!!
y vuelve por aqui a contar como te fue!! 
