Puedes desmontarlo tranquilamente, no hay problema, si bien es cierto que a veces la BSi puede detectar que le falta el modulo dar fallos y hacer cosas raras, pero por norma general no suele suceder.
Lo mas recomendable es esperar abrir el capó, fumarse un cigarrito tranquilamente, y pasados 5 minutos desconectar el borne de la batería, desmontar lo que quieras, proceder, volver a montar y volver a poner el borne de la batería, así te aseguras de que la BSI no va guardando defectos y no se vuelve "tonta" en un futuro 