Creo que una avería con presupuesto de 5000 euros merece ser estudiada con detenimiento.
Entiendo que siendo para ti el coche una herramienta de trabajo tengas menos margen de tiempo y tengas que tomar una decisión rapidamente.
Siempre y cuando descartes el deshacerte de él y pienses en repararlo, yo lo primero que haría es determinar si ese taller es de confianza. No sólo por el hecho de que me estén "timando" con el diagnóstico, sino porque una reparación de esa magnitud requiere de buenos profesionales. Y una vez que te gastas 5000 euros, me da igual gastarme 300 más en una grua que lleve mi coche a otro taller de más confianza.
Seguro que trabajando donde trabajas conoces o sabes de sitios de verdadera confianza.
Segundo, yo descartaría el elegir otro coche de segunda mano y similares características, te gastas un dinero y no sabes como está. Al menos con este si lo arreglas sabes que se te queda bien. Lo otro es lotería, y siendo tus garbanzos los que están en juego, pues eso.
Y finalmente si el taller es de confianza creo que te debería de ofrecer más de una alternativa, yo sin entender mucho de mecánica entiendo que hay tres si damos por válido el diagnóstico que te han hecho
1; la más económica buscar un motor en un desguace y tirar lo justo con él para "amortizar" el coste.
2; Reparar el que tienes. Los profesionales que te hagan eso ante todo tienen que ser buenos, sino.....
3; Cambiar el motor por otro recuperado. No cuestan tanto como los nuevos (algo que te desaconsejo por su elevado precio) pero tienen garantía como si lo fuesen y realmente es un motor nuevo ya que lleva todas sus piezas rectificadas y nuevas.
Suerte y ya nos dirás el desenlace.
P.D pensaba que el desgaste prematuro del embrague o conjunto volante-embrague era patrimonio del 1.6HDi